Program Nauki Zachowania posiada rekomendację Systemu Rekomendacji Programów Profilaktycznych i Promocji Zdrowia Psychicznego. „System Rekomendacji Programów Profilaktycznych i Promocji Zdrowia Psychicznego”, jest wdrażany przez: Krajowe Biuro ds. Przeciwdziałania Narkomanii, Państwową Agencję Rozwiązywania Problemów Alkoholowych, Ośrodek Rozwoju Edukacji oraz Instytut Psychiatrii i Neurologii. W ten sposób system jest wspierany międzyresortowo, a objęte nim programy posiadają rekomendację Ministerstwa Zdrowia oraz Ministerstwa Edukacji Narodowej.
Elementem systemu rekomendacji są szczegółowe wymagania odnoszące się do jakości programu jako całości, a także poszczególnych etapów jego realizacji – etapu diagnozy i oceny potrzeb, planowania celów i sposobów ich realizacji, monitorowania i oceny efektów programu w trakcie ewaluacji. Wymagania pogrupowane zostały w kilkanaście kategorii, dla których sformułowano standard oraz kryteria oceny.
